在学科建设方面，四川大学实施“学科跨越发展工程”，充分发挥多学科综合优势。老学科实施“学科振兴计划”重振雄风，优势学科实施“学科爬坡计划”瞄准世界前沿，新兴交叉学科实施“学科发展计划”开拓创新。坚持“优化结构、鼓励交叉、促进融合、重点建设、提高水平、形成特色”的建设方针，在巩固现有46个国家重点学科、58个部省级重点学科的同时，紧紧抓住影响21世纪科技发展趋势的信息技术、生物技术、纳米技术及新材料技术、新能源与环保技术等，大力发展新兴、边缘、交叉学科，建设“985工程”二期。 建立科技创新平台，鼓励和推动生物医药、纳米技术、材料科学、信息技术、资源环境、工程学、数学、物理学、信息数学、经济学、管理学、化学化工、药学等学科交叉融合，加强资源整合，尽快在1-2个学科领域实现重点突破，进入世界一流水平行列。加强“985工程”第二期哲学社会科学创新基地建设，鼓励和推动文学、历史学、哲学、宗教学、社会学、国际关系学、民族学、社会学、区域经济等学科交叉融合，实现重点突破，带动整体发展。同时，大力加强法学、管理学、教育学等有条件的社科学科快速发展，加快文科整体进步。 理学、工学、医学等学科在加强现有优势学科建设的同时，着力提高对一些需求量大、基础好的“中游学科”的支持力度，加大对基础较好的“中游学科”的投入和支持力度，力争新增一批博士、硕士点和专业学位授权点；通过实施“十五”14个重点学科建设项目和“211工程”，认真按照选定建设重点、细化学科方向、聚集创新团队、建设学科基地、完善公共平台、培养拔尖人才、争创重大任务、创造标志性成果、加强国际合作、提升管理水平等要求，进一步促进多学科的交叉、渗透、融合，发展一批国家急需、有发展前景的新兴、边缘、交叉学科，加快建成一批名特优学科和学科集群，整体实力达到国内一流水平。 部分学科的重点研究方向达到或接近世界先进水平，从而构建起基础学科实力雄厚、应用学科前景广阔、交叉学科活跃强劲、新兴学科不断成长，基础学科与应用学科相互促进，文、理、工、医等学科相互支持、交叉渗透、协调发展的学科体系，更好地适应经济建设、社会发展和科技进步趋势，充满活力，充分体现一流研究型综合性大学的内涵和特征。