截至2017年12月，厦门大学图书馆纸质藏书525.45万册，电子藏书562.61万册，电子期刊72万册，馆藏总量达1160.06万册，位居全国图书馆前列。

馆藏文献涵盖各学科，特别是哲学、管理学、政治学、法学、经济学、语言学、历史学、数学、物理学、化学、生物学、海洋学、机械电子工程、计算机科学等学科，藏书较为系统，在东南亚研究、台湾研究资料建设方面具有独特优势。图书馆还拥有大量古籍、光盘、音（录）带、缩微胶片等资源，是全国古籍重点保护单位。

该馆是中国高等教育文献保障体系主要成员馆、福建省文献情报服务中心主要成员馆之一、中国人文社会科学文献中心学科中心之一，与15个国家和地区的200余所高校图书馆建立了馆际互借和出版物交换关系，教育部在该馆设立了科技查新工作站。

《厦门大学学报（自然科学版）》创刊于1931年，是教育部主管、厦门大学主办、国内外公开发行的综合性学术期刊（双月刊），为中国自然科学核心期刊，主要刊载自然科学各学科的最新研究成果，包括基础理论研究、应用基础研究、高新技术等方面的学术论文。自1994年以来，被引频次、影响因子一直位居全国综合性高校前列，被国内外多家核心期刊和数据库收录为刊源，多次被评为全国、华东地区、福建省优秀科技期刊。2001年入选国家新闻出版总署评估的“中国期刊阵”；2003年获国家新闻出版总署颁发的“第二届全国科技期刊百种重点期刊奖”； 2006、2008年连续两次荣获教育部科技司颁发的“中国高校优质科技期刊”奖；2008年荣获“首届福建省十佳期刊”。2009年在全国高校科技期刊“三优”评审中被评为“编辑质量优秀期刊”。《厦门大学学报（自然科学版）》在2009年度华东地区优秀期刊评选中荣获“第四届华东地区优秀期刊奖”。2010年荣获“第三届中国高校优秀科技期刊奖”。2011年被评为“第二届中国优秀科技期刊”。2011年在《中国学术期刊评价报告》（2011-2012）中被评为“RCCSE中国权威学术期刊”。

《厦门大学学报（哲学社会科学版）》是教育部主管、厦门大学主办的哲学社会科学高水平综合性学术期刊，2003年底入选教育部首批“哲学社会科学名刊工程”。据清华大学《中国学术期刊电子杂志（光盘版）》发布的《中国学术期刊影响因子年度报告》（人文社会科学版2010版）数据显示，2009年该期刊在“中国学术期刊综合评价数据库”中被引3122次，综合影响因子为1.692，位列全国人文社会科学综合性期刊第7位。 另外，据陕西师范大学图书馆《2001年至2006年高校人文学科期刊统计分析》统计报告显示，该刊1998年至2002年平均摘转率在全国人文学科期刊中排名第一，2003年至2005年平均摘转率排名第四；其中2001年排名第二，2002年排名第一，2003年排名第二，2004年排名第五，2005年排名第三。该刊先后入选全国各类人文学科“核心期刊”和各类评价体系的来源期刊，如《中文核心期刊要览》（北京大学）、《中国人文社会科学核心期刊》（中国社会科学院）、《中文社会科学引文索引（CSSCI）精选期刊》（南京大学）等，并在各类期刊评价中均获得相应荣誉。 在中国人文社会科学期刊学会举办的四届全国人文学科期刊评比中，均荣获最高奖项；近年来，连续被评为“华东地区优秀期刊”、“首届福建省十佳期刊”。